Publicat: Fri, Dec 12th, 2014

Un software poate identifica ADN-ul virusurilor și poate accelera diagnosticarea

Los Alamos National Laboratory (LANL) a anunțat în această săptămână lansarea software-ului de bioinformatică pe care l-a creat pentru a identifica ADN-ul din ciuperci, bacterii, virusuri și alți agenți patogeni, scurtând timpul necesar diagnosticării anumitor boli de la săptămâni la ore.

Software-ul poate accelera, de asemenea, analiza genetică a tumorilor canceroase pentru opțiunile și pronosticul de chimioterapie.

Noua versiune LANL a software-ului Sequedex recunoaște modele în secvențe ADN scurte și asociază apoi acele secvențe cu filogenia – evoluția genetică a unui organism. Potrivit celor de la Los Alamos, acesta analizează o colecție de secvențe de fragmente ADN “într-o manieră similară celei în care se face căutare într-un browser web”. Sequedex folosește o listă de termeni de căutare, generați din genomii clasificați anterior, pentru a filogenia și funcția de secvențe ADN.

„Termenii de căutare generați de Sequedex sunt selectați de evoluție, în sensul că aceștia trebuie să fie prezenți în mai mult de un genom. Fiecare termen este, de asemenea, legat de o ramură din Tree of Life și de un set de una sau mai multe funcții biologice” a declarat Laboratorul.

Sequedex clasifică fragmentele ADN de 250.000 de ori mai rapid decât metodele convenționale. Cu Sequedex, un laptop poate să analizeze secvențe ADN mai rapid decât le poate crea orice alt sequencer ADN.

Software-ul poate plasa un patogen în locul său corespunzător în “Tree of Life”. Acesta, la rândul său, poate ajuta la determinarea bolilor cauzate de patogeni, poate ajuta la selecția unor ținte terapeutice pentru tratamentul împotriva cancerului și poate îmbunătăți randamentul fermelor de alge, relativ ușor de realizat de către profesioniștii din domeniul sănătății, de cercetători și de alții.

“Ca parte a testării am folosit Sequedex pentru a identifica secvențe virus într-o mostră de sânge a unui colaborator din Africa. În cursul unei după-amieze, software-ul a identificat un virus rabic mortal, ceva ce ar fi durat săptămâni de lucru prin folosirea metodelor convenționale”, a declarat Ben McMahon, om de știință al grupului Alamos Theroretical Biology and Biophysics.

Andrei CONSTANTINESCU

Despre Autor